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16S/ITS分型

来源:万物生物   发布时间:2021-11-02

16S /ITS菌种鉴定

通过DNA 测序对微生物进行物种鉴定(菌种鉴定)是比传统生化鉴定更先进的鉴定方法。DNA 测序不依赖菌种本身特点,对所有菌种均可使用。比传统生化鉴定更加快速,准确。万物生物提供的微生物物种鉴定服务包括细菌16s rDNA鉴定和真菌26s rDNA鉴定、真菌ITS和真菌18s 鉴定。

提供样品

基因组DNA:浓度≥ 10 ng/μl,总体积≥ 20 μl,革兰氏阳性细菌由于细胞壁较厚,最好提供基因组DNA;

带有单菌落的平板或斜面:应长有至少分离三次以上的单菌落。

交付报告

PCR 产物照片;

菌种鉴定NCBI 参考结果;

测序彩色波形图;

测序方向图;

序列碱基图。


16S DNA测序技术服务

技术原理

16S rDNA为编码原核生物核糖体小亚基rRNA的DNA序列,具有10个保守区和9个高变区,其中保守区在细菌间差异不大,高变区具有属或种的特异性,随亲缘关系不同而存在差异。16S rDNA扩增子测序,通常是选择1-2个高变区,利用保守区设计通用引物进行PCR扩增,再对高变区进行测序分析和菌种鉴定。16S rDNA扩增子测序技术是研究环境样品中微生物群落结构组成、挖掘样品之间差异的重要手段。


16S rDNA结构示意图


16S rDNA常用引物



实验路线


为提高数据的利用效率,扩增子通常进行混样建库,为此需要在上下游引物的5’端加6-8个碱基的barcode序列,用于区分不同的样品;PCR产物检测合格后,等质量混合到一起,构建PCR-free文库并上机测序。


技术路线




样本要求




注:扩增子测序结果的准确性受DNA质量影响较大,所以前期样本采集的过程一定要保证快速和低温环境,提取过程也要确保DNA的完整性和提取量。


实验周期 

样本质检合格后,22个工作日。


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