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微卫星标记STR/SSR
来源：万物生物 发布时间：2021-11-02
微卫星标记STR/SSR
背景介绍
微卫星标记（Microsatellite）也称为短串联重复序列（STR）或简单重复序列（SSR），是广泛分布在真核生物基因组中的简单重复序列。微卫星位点通常通过PCR扩增和电泳检测，并根据片段大小分离等位基因进行分析；扩增后的等位微卫星可以用多种方法检测，传统方法采用聚丙烯酰胺凝胶电泳加放射显影或银染的方法，费时费力效率低。阅微基因基于5年的经验，利用ABI遗传分析仪对荧光标记的DNA片段进行检测，结合分子量内标进行DNA片段长度计算，使STR分型变得高效快捷，结果也更加精确。
服务项目
１．SSR引物开发
通过富集微卫星序列，开发出20-30条具有一定重复特征的微卫星序列，并且对序列进行多态性和特异性验证。
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服务编号 |
方法 |
内容说明 |
价格 |
周期 |
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STR01 |
SSR引物开发 |
开发未知基因组序列物种的引物 |
询价 |
2-4周 |
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STR02 |
SSR引物筛选 |
筛选适合荧光检测的引物 |
询价 |
2-4周 |
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STR03 |
引物设计与合成 |
荧光标记引物 |
询价 |
1周 |
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STR04 |
PCR条件优化 |
单重和多重PCR |
询价 |
1-2周 |
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STR05 |
PCR扩增 |
荧光或非荧光 |
询价 |
1-4周 |
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STR06 |
测序仪检测 |
用测序仪对单色或多色荧光标记DNA 片段进行分离和检测 |
询价 |
2-7工作日 |
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STR07 |
原始数据分析 |
将原始数据分析为基因型 |
询价 |
1工作日-2周 |
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STR08 |
群体遗传学分析 |
关联分析、连锁图构建等 |
询价 |
1-2周 |
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STR09 |
AFLP检测 |
检测和数据分析 |
询价 |
2-5工作日 |
２. 引物筛选
选取部分代表性样本，利用普通引物进行PCR扩增，然后利用高分辨率芯片电泳或PAGE验证引物的特异性、扩增效率和基因座多态性等信息（图1）。
图1. 用岛津MultiNA芯片电泳仪进行引物筛选的结果
３．样本批量扩增
用带有荧光标记（FAM／HEX／TMR／ROX等）的引物，对批量样本进行PCR扩增。我公司拥有高通量PCR仪平台，可以满足大量样本扩增需求。
４．测序仪检测
带有荧光标记的PCR产物进行稀释后与分子量内标混合，用3730xl等测序仪进行毛细管电泳，并得到原始数据（fsa文件，见图2）。
图2. 应用3730xl测序仪检测得到的原始图谱
５．原始数据分析
编制panel和bin等文件，使用正版GeneMapper v4.0软件分析测序仪得到的fsa文件，并生成PDF图谱和Excel文档（包括size、基因分型等信息），分析后的电泳图谱见图3。
图3. GeneMapper软件分析后的电泳图谱
６．群体遗传学分析
利用生物信息学软件（POPGENE、MEGA、PHYLIP、ARLEQUIN等）对上述数据进行进一步分析，绘制遗传连锁图谱、分析连锁不平衡和分析多态性等。
送样要求
细胞（≥106）、组织（≥300mg）、血液（≥1mL）、基因组DNA（≥20μl，浓度≥50ng/μl）；引物信息、片段长度范围、琼脂糖电泳图等。
提供结果
引物、微卫星分析的原始数据以及GeneMapper生成的PDF图谱、包含片段长度等信息的Excel文档和进一步的分析结果等。
成功案例
到目前为止，我公司与上百家科研机构建立合作，进行过多个物种的引物开发、多态性分析、种系鉴定和连锁图谱构建等工作，包括人、小鼠、大鼠、兔、马、犬、牛、大熊猫、鱼、虾、麻雀、蜜蜂、蚊子、蚜虫、瓢虫、小麦、玉米、大豆、棉花、杨树、苹果、葡萄和真菌等。
【一站式整体科研服务，成就更高水平的科研成果】
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